Порядок возмещения НДС в заявительном порядке (то есть до окончания камеральной проверки) установлен статьей 176.1 НК РФ. Основной его риск состоит в том, что если инспекция "досрочно" возместит налогоплательщику НДС, но по итогам проверки выявит нарушения, контролирующие органы вправе потребовать возврата ранее возмещенного налога в полной сумме или частично. Причем возвратить НДС необходимо с процентами в размере двукратной ставки рефинансирования ЦБ РФ (п.п. 15, 17 ст. 176.1 НК РФ).

В споре, рассмотренном ФАС Северо-Кавказского округа в постановлении от 20.03.2014 № А53-3810/2013, налоговый орган первоначально возместил организации НДС в заявительном порядке. Однако по завершении проверки принял решение об уменьшении суммы ранее возмещенного налога и обязал организацию возвратить НДС. Налогоплательщик возвратил требуемую сумму налога вместе с процентами (возврат был произведен в форме зачета).

Данное решение налогового органа было признано судом незаконным. В связи с этим суммы, перечисленные организацией обратно в бюджет, являются излишне взысканными. А по правилам п. 5 ст. 79 НК РФ они должны быть возвращены налогоплательщику с начисленными на них процентами. Суд уточнил, что возврату налогоплательщику подлежат также проценты, уплаченные им в двукратном размере ставки рефинансирования ЦБ РФ, с начислением на них процентов по п. 5 ст. 79 НК РФ.

Такой подход поддержал Верховный Суд РФ в определении от 22.09.2014 № 308-ЭС14-90.

Заметим, что Минфин России по данному вопросу придерживается противоположной точки зрения. Чиновники полагают, что статья 79 НК РФ не регламентирует порядок возврата процентов, уплаченных налогоплательщиком в соответствии с п. 17 ст. 176.1 НК РФ. Поэтому их возврат невозможен (см. письмо от 27.09.2011 № 03-07-08/281).
Таким образом, иную позицию по данному вопросу придется отстаивать в суде.

Подробнее о заявительном порядке возмещения НДС см. справочник "Налог на добавленную стоимость".