Денежные средства, переведенные с расчетного счета индивидуального предпринимателя на его личный счет, НДФЛ не облагаются.
Безналичные денежные средства относятся к объектам гражданских прав наравне с другим имуществом (ст. 128 ГК РФ). Собственник имущества вправе по своему усмотрению совершать в отношении него любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц (п. 2 ст. 209 ГК РФ). Следовательно, денежные средства, которые остались на расчетном счете индивидуального предпринимателя после уплаты налогов и сборов, могут быть использованы им на личные цели. Например, они могут быть переведены на его личный счет как физического лица. В письме от 11.08.2014 № 03-04-05/39905 Минфин России приходит к выводу, что облагаемого дохода в таком случае не возникает. Связано это с тем, что доходом в ст. 41 НК РФ признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, определяемая в соответствии с главами "Налог на доходы физических лиц" и "Налог на прибыль организаций" НК РФ. Данная выгода учитывается в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить. Очевидно, что при переводе собственных денежных средств с одного счета на другой никакой экономической выгоды не образуется.
Подробнее об объекте налогообложения НДФЛ см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".