Согласно п. 4 ст. 170 НК РФ организация вправе не вести раздельный учет сумм НДС при осуществлении операций, подлежащих и не подлежащих налогообложению, в том налоговом периоде, в котором доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5 процентов общей величины указанных расходов. При этом весь НДС, предъявленный организации при приобретении товаров (работ, услуг) в данном налоговом периоде она может принять к вычету в общем порядке.

В письме от 05.02.2016 № 03-07-14/5857 Минфин России разъяснил, какие операции признаются освобождаемыми от НДС для целей применения указанной нормы.

Ссылаясь на постановление Президиума ВАС РФ от 05.07.2011 № 1407/11, финансовое ведомство указало, что к операциям, освобождаемым от налогообложения, относятся операции, не облагаемые НДС по любым основаниям, предусмотренным главой 21 НК РФ, включая операции, не признаваемые объектом налогообложения.

Ранее Минфин России высказывал аналогичную точку зрения (письма от 24.04.2015 № 03-07-11/23524, от 29.03.2012 № 03-07-08/92).

Подробнее о раздельном учете НДС см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".