При возврате комиссионеру части товаров, не принятых покупателем на учет, комиссионер должен выставить покупателю корректировочный счет-фактуру (письмо ФНС России от 05.07.2012 № АС-4-3/11044@, письмо Минфина России от 07.04.2015 № 03-07-09/19392), а комитент - перевыставить в адрес комиссионера корректировочный счет-фактуру с аналогичными показателями (пп "а" п. 1 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).

В справочник "Учет по налогу на добавленную стоимость" добавлен пример, описывающий порядок выставления и регистрации корректировочного счета-фактуры комитентом при возврате покупателем части товаров, которые не были им приняты к учету, в программе "1С:Бухгалтерия 8" (редакция 3.0):

• Возврат комиссионных товаров покупателем (позиция комитента)