Согласно действующим правилам доходы физического лица, которое является налоговым резидентом РФ, облагаются НДФЛ по ставке 13 процентов, а доходы физлица-нерезидента облагаются НДФЛ по ставке 30 процентов. Если в течение налогового периода статус физического лица меняется с нерезидента на резидента и этот статус больше не может измениться, организация должна пересчитать налог с начала года по ставке 13 процентов.

В письме от 15.02.2016 № 03-04-06/7958 Минфин России напомнил порядок перерасчета налога.

Финансовое ведомство указало, что с месяца, в котором число дней пребывания работника в РФ в текущем налоговом периоде превысило 183 календарных дня, суммы НДФЛ, удержанные налоговым агентом с его доходов до получения им статуса налогового резидента по ставке 30 процентов, подлежат зачету при определении налоговой базы нарастающим итогом по суммам доходов работника, включая доходы, с которых налог удерживался по ставке 30 процентов. При этом если по итогам налогового периода НДФЛ, удержанный по ставке 30 процентов, зачтен не полностью, то оставшаяся сумма НДФЛ подлежит возврату физическому лицу налоговым органом по месту жительства (учета) физического лица.

Ранее Минфин России высказывал аналогичную точку зрения (письма от 15.04.2014 № 03-04-06/17166, от 03.10.2013 № 03-04-05/41061, от 15.11.2012 № 03-04-05/6-1301).

Данные рекомендации поддерживаются в учетных решениях "1С:Предприятие 8".

Подробнее о том, как пересчитать НДФЛ при изменении статуса физического лица в течение года, см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".