ФНС России в письме от 28.07.2014 № ЕД-4-2/14546 рассмотрела особенности регистрации счетов-фактур, а также исчисления НДС в случае, когда товары отгружены в последних числах одного налогового периода (квартала), а счет-фактура в электронном виде выставлен продавцом и получен покупателем уже в следующем квартале.

Налоговая служба напомнила, что согласно п. 3 ст. 168 НК РФ счета-фактуры выставляются продавцами (поставщиками) не позднее пяти календарных дней с даты отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав). А налоговая база определяется на момент такой отгрузки (передачи) (п. 1 ст. 167 НК РФ). При этом в книге продаж счета-фактуры регистрируются в хронологическом порядке в том квартале, в котором возникает обязанность рассчитать и уплатить НДС (п. 2 Правил ведения книги продаж, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Таким образом, как поясняют, специалисты ведомства, продавец, отгрузивший товар в одном квартале, и выставивший счет-фактуру (направивший счет-фактуру в электронном виде оператору) в другом, должен отразить данный счет-фактуру:

• в журнале учета выставленных счетов-фактур – в периоде выставления (отправки оператору) (пп. "б" п. 7 Правил ведения журнала выставленных и полученных счетов-фактур, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).
• в книге продаж – в том квартале, в котором произошла отгрузка товара.

В отношении позиции покупателя в подобной ситуации ФНС России отметила следующее. Вычет НДС можно заявить при условии, что товары (работы, услуги) приняты к учету и в наличии есть счет-фактура, оформленный надлежащим образом (п. 2 ст. 171 НК РФ, п. 1 ст. 172 НК РФ). Причем полученные счета-фактуры регистрируются в книге покупок по мере возникновения права на вычет НДС (п. 2 Правил ведения книги покупок, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Соответственно, несмотря на период, в котором состоялась отгрузка и продавец оформил по ней счет-фактуру, пока данный документ не будет получен покупателем, права на вычет у него не возникнет. В связи с этим в ситуации, когда отгрузка товаров и поступление счета-фактуры приходятся на разные кварталы, покупатель должен отразить счет-фактуру от продавца в журнале учета полученных счетов-фактур и в книге покупок именно в периоде получения счета-фактуры при условии принятия к учету приобретенных товаров. 

Подробнее о периоде, в котором можно принять к вычету НДС по счету-фактуре, полученному с опозданием, см. справочник "Налог на добавленную стоимость".