Согласно п. 2 ст. 173 НК РФ налогоплательщик должен заявить НДС к возмещению в пределах 3 лет после того периода, в котором возникло право на вычет. В противном случае он лишается права на возмещение. Однако данный период не всегда легко установить. Например, спорным является вопрос о периоде вычета НДС у заказчика, который периодически осуществляет приемку работ, получает счета-фактуры, несмотря на отсутствие в договоре условии о поэтапной сдаче. Налогоплательщик в таком случае сталкивается с выбором: заявить вычет НДС по мере принятия работ на учет или дождаться окончания строительства и ввода объекта в эксплуатацию. По данному вопросу нет единства в судебной практике.

В постановлении ФАС Северо-Западного округа от 26.05.2014 № Ф07-2406/2014 пришел к выводу, что вычет налога, предъявленного подрядными организациями при проведении капитального строительства, производятся в общеустановленном порядке, то есть по мере принятия работ на учет и при наличии счетов-фактур (п. 6 ст. 171, п. 5 ст. 172 НК РФ). Постановка на учет объектов завершенного капитального строительства не является обязательным условием вычета с 01.01.2006.

Однако в постановлении ФАС Северо-Западного округа от 26.05.2014 № Ф07-2621/2014 содержится иной вывод: вычет по СМР возможен по окончании строительства объекта и принятия работ на учет в полном объеме. Суд обратил внимание, что предметом договора является строительство жилого дома, а не выполнение отдельных строительно-монтажных работ. Кроме того, сослался на п. 18 информационного письма Президиума ВАС РФ от 24.01.2000 № 51, по которому акты формы КС-2 подтверждают лишь выполнение промежуточных работ для проведения расчетов и не являются актами приемки отдельного этапа работ, если в договоре поэтапная сдача работ не оговорена.

Подробнее см. справочник "Налог на добавленную стоимость".