Как известно, компания не вправе применять УСН, если доля участия в ней других организаций превышает 25 процентов (пп. 14 п. 3 ст. 346.12 НК РФ). Зачастую новый участник, вошедший в состав ООО, оплачивает долю не сразу, а в течение определенного периода (п. 1 ст. 9 Федерального закона от 08.02.1998 № 14-ФЗ). При этом Налоговый кодекс РФ не разъясняет, может ли ООО применять упрощенку в период, когда его новый участник "на бумаге" приобрел долю, превышающую 25 процентов, но фактически еще не оплатил ее. Рассмотрев аналогичный спор, ФАС Уральского округа в постановлении от 17.07.2014 № Ф09-4154/14 указал следующее. Налогоплательщики, не соответствующие требованиям п. 3 ст. 346.12 НК РФ, не могут применять УСН. Это относится и к ограничению по доле участия в них других юридических лиц. Таким образом, если в состав участников ООО входит компания, чья доля превышает 25 процентов, налогоплательщик утрачивает право на спецрежим. При этом факт оплаты доли в данном случае значения не имеет.

Подробнее об условиях применения УСН см. справочник "Упрощенная система налогообложения".