Субсидии, полученные на компенсацию убытков, возникших в связи с применением государственных регулируемых цен, НДС не облагаются.
Организации нередко получают субсидии из бюджетов различных уровней на безвозмездной и безвозвратной основе с целью возмещения затрат или недополученных доходов (ст. 78 Бюджетного кодекса РФ). При этом неясно, нужно ли такие субсидии облагать НДС. В частности, следует ли их рассматривать как суммы, связанные с оплатой реализованных товаров согласно пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ и увеличивать на них налоговую базу по НДС?
Суды указывают, что в подобных случаях имеет значение цель предоставления субсидий. Так, если они поступают из бюджета, чтобы компенсировать налогоплательщику убытки, образовавшиеся в связи с применением государственных регулируемых цен, то такие субсидии не связаны с оплатой реализуемых товаров. Соответственно, подобные суммы НДС не облагаются (п. 2 ст. 154 НК РФ). Подобные субсидии, в частности, получают из местных бюджетов организации, оказывающие коммунальные услуги населению (см. постановления ФАС Западно-Сибирского округа от 24.07.2014 № А27-20884/2012 и № А27-20804/2012).
Отметим, что данную позицию разделяют и контролирующие органы. Подробнее об этом см. в справочнике "Налог на добавленную стоимость".