В налоговую базу при УСН включаются доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 НК РФ, и внереализационные доходы, определяемые на основании ст. 250 НК РФ. В то же время доходы, поименованные в ст. 251 НК РФ, учитывать не нужно (ст. 346.15 НК РФ). В частности, при определении налоговой базы при УСН не учитывается имущество (в т.ч. денежные средства), полученное агентом, комиссионером, иным поверенным в связи с исполнением посреднического договора, а также средства, поступившие в счет возмещения затрат посредника (п. 1.1 ст. 346.15, пп. 9 п. 1 ст. 251 НК РФ).
Согласно ст. 1005 ГК РФ в рамках агентского договора агент обязуется за вознаграждение совершать по поручению принципала юридические и иные действия от своего имени, но за счет принципала либо от имени и за счет принципала. При этом принципал должен выплатить агенту вознаграждение за оказанные услуги (ст. 1006 ГК РФ). Если агент применяет УСН, то в состав доходов он должен будет включить только сумму своего вознаграждения. Например, турагентство на УСН обязано учесть в доходах вознаграждения от туроператора за реализованные путевки. Данный вывод содержится в письме Минфина России от 19.05.2014 № 03-11-06/2/23461.

Подробнее о порядке определения доходов при УСН см. справочник "Упрощенная система налогообложения".