Когда участник ООО выходит из состава организации, его доля в уставном капитале переходит обществу. В связи с этим общество обязано выплатить физлицу действительную стоимость такой доли. Взамен этого организация также вправе выдать участнику имущество в стоимости, соответствующей стоимости доли. Размер доли в уставном капитале определяется на основании данных бухгалтерской отчетности организации за последний отчетный период, предшествующий дню подачи физлицом заявления о выходе из ООО (п. 6.1 ст. 23 Федерального закона от 08.02.1998 № 14-ФЗ). Минфин России в письме от 17.06.2014 № 03-04-05/28920 отметил, что доход физлица в виде выплаченной ему действительной стоимости доли в общем порядке облагается НДФЛ. На расходы, связанные с приобретением участником доли, а также на суммы дополнительных взносов физлица в уставный капитал данный доход не уменьшается.
Отметим, что финансовое ведомство и ранее придерживалось аналогичной позиции, дополнительно указывая, что НДФЛ в данном случае должен удержать налоговый агент (см. письма от 21.06.2013 № 03-04-05/23404, от 07.06.2012 № 03-04-06/3-157).

Подробнее о налогообложении НДФЛ отдельных выплат см. справочник "Налог на доходы физических лиц".