В письме от 12.05.2014 № 03-11-11/22105 Минфин России рассмотрел вопрос о том, в каком порядке налогоплательщикам, применяющим УСН, начисляются пени за несвоевременную уплату авансовых платежей, если эти платежи больше налога, уплачиваемого по итогам года.

Финансовое ведомство отметило, что согласно ст. 346.21 НК РФ налогоплательщики на УСН по итогам отчетных периодов обязаны платить авансовые платежи по налогу, которые засчитываются при исчислении авансовых платежей в последующие отчетные периоды и суммы налога за год. В соответствии со ст. 75 НК РФ за неуплату или неполную уплату названных платежей с налогоплательщика взыскивается пеня в размере 1/300  ставки рефинансирования ЦБ РФ за каждый день просрочки.

При начислении пени необходимо принимать во внимание Постановление Пленума ВАС РФ от 26.07.2007 № 47, в котором разъяснено следующее. Если по итогам года сумма исчисленного налога оказалась меньше авансовых платежей, подлежащих уплате в течение этого года, то пени, начисленные за неуплату этих авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению.

Ранее Минфин России высказывал аналогичную позицию (письма от 29.12.2012 № 03-02-07/1-323, от 18.10.2007 № 03-02-07/2-168).