Если товары принципала (комитента) реализуются от имени посредника, то именно он обязан выставить счета-фактуры покупателю. Эту обязанность он должен исполнить даже в том случае, если применяет специальный налоговый режим, например, УСН. Минфин России в письме от 25.06.2014 № 03-07-РЗ/30534 пояснил, что при выставлении счета-фактуры в таком случае следует руководствоваться п. 1 Правил заполнения счетов-фактур, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 и указывать:

• в строке 2 "Продавец" – полное или сокращенное наименование комиссионера, агента (ФИО индивидуального предпринимателя);
• в строке 2а "Адрес" – место нахождения комиссионера, агента (место жительства предпринимателя);
• в сроке 2б "ИНН/КПП" – идентификационный номер и код причины постановки на учет комиссионера (агента);
• в сроке 3 "Грузоотправитель и его адрес" – полное или сокращенное наименование фактического грузоотправителя в соответствии с учредительными документами. Им может являться посредник, принципал (комитент) или иное лицо.

Подробнее см. справочник "Налог на добавленную стоимость".