Согласно п. 3 ст. 155 НК РФ при передаче имущественных прав налогоплательщиками, в том числе участниками долевого строительства, на жилые дома или жилые помещения, доли в жилых домах или жилых помещениях, гаражи или машино-места налоговая база по НДС определяется как разница между стоимостью, по которой передаются имущественные права (с учетом налога), и расходами на приобретение указанных прав.

В письме от 27.06.2014 № ГД-4-3/12291 ФНС России рассмотрела вопрос о том, применяется ли эта норма при передаче имущественных прав на нежилые помещения.

Налоговое ведомство отметило, что особенности определения налоговой базы по НДС при передаче имущественных прав на нежилые помещения ст. 155 НК РФ не установлены. Вместе с тем ВАС РФ в постановлении от 25.02.2010 № 13640/09 указал, что имущественные права на недвижимое имущество и на имущество, перечисленное в п. 3 ст. 155 НК РФ, отнесены к одному виду объектов гражданских прав. Так как Налоговым кодексом не предусмотрено исключений и не установлено специального порядка определения налоговой базы при реализации имущественных прав на нежилые помещения, то ее необходимо исчислять в соответствии с п. 3 ст. 155 НК РФ.

Таким образом, учитывая позицию ВАС РФ, при реализации имущественных прав на нежилые помещения НДС следует определять с разницы между ценой реализации имущественных прав с учетом налога и ценой их приобретения.

О том, как исчислить НДС при передаче прав на нежилые помещения, см. справочник "Налог на добавленную стоимость".