В письме от 15.05.2014 № СА-4-14/9323 ФНС России высказала следующее мнение. Если работника направили в командировку в обособленное подразделение своей организации, сумма НДФЛ, удержанная с выплаченного ему дохода, перечисляется в бюджет по месту нахождения головной организации. Обусловлено это тем, что данный работник не является сотрудником этого подразделения. Следовательно, согласно п. 7 ст. 226 НК РФ платить НДФЛ с доходов такого работника по месту нахождения обособленного подразделения не нужно. Ранее такое же мнение высказывал и Минфин России (письмо от 11.04.2013 № 03-04-06/11990).

Подробнее о том, с каких доходов организация должна заплатить НДФЛ по месту нахождения обособленного подразделения, см. Справочник "Налог на доходы физических лиц".