Такие разъяснения ФНС России представила в письме от 10.04.2014 № БС-3-11/1338@.

Налоговое ведомство рассмотрело ситуацию, когда в отдельные месяцы налогового периода работодатель не выплачивал налогоплательщику дохода либо начислял и выплачивал его не за каждый месяц налогового периода, а сразу за несколько месяцев (например, раз в квартал). Руководствуясь тем, что стандартные вычеты по ст. 218 НК РФ должны предоставляться за каждый месяц налогового периода, ФНС России пояснила, что в подобной ситуации в месяц выплаты дохода работнику предоставляются также стандартные вычеты за каждый месяц налогового периода, включая те месяцы, в которых он не получал выплат.

Аналогичную позицию ранее озвучивал и Минфин России в письмах от 06.05.2013 № 03-04-06/15669, от 06.02.2013 № 03-04-06/8-36 и др.

Подробнее о налоговых вычетах по НДФЛ см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц". А о порядке предоставления стандартных вычетов в программах 1С см. в справочнике "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С".