Транспортно-экспедиционные услуги облагаются по ставке НДС 0 процентов в том случае, если они оказаны при организации международной перевозки товаров (пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ). При этом международной в целях ст. 164 НК РФ признается перевозка, при которой пункт отправления или назначения товара расположен за пределами России – то есть товар ввозится или вывозится (абз. 2 пп. 2.1 п. 1 указанной статьи). На практике же экспедитор может осуществлять перевозку товара не на всей протяженности маршрута, а только на части пути – гражданское законодательство этого не запрещает. В частности, отрезок, на котором он перевозит товар в рамках международной перевозки, может полностью проходить по территории России. Однако налоговым законодательством не урегулировано, вправе ли он в таком случае применить нулевую ставку НДС. В письме от 03.04.2014 № 03-07-РЗ/14918 Минфин России разъяснил, что в подобных ситуациях экспедитору следует облагать свои услуги по ставке НДС 18 процентов (п. 3 ст. 164 НК РФ). Такой вывод финансовое ведомство, как и прежде, обосновало тем, что в п. 1 ст. 164 НК РФ не предусмотрено применение нулевой ставки при оказании услуг по перевозке ввезенного товара по территории РФ. Аналогичные выводы Минфин делал и в предыдущих разъяснениях (см., например, письма от 01.07.2013 № 03-07-08/25077, от 21.05.2012 № 03-07-15/49). Отметим, что позиция финансового ведомства не бесспорна.

Подробнее об этом см. статью-рекомендацию в справочнике "Налог на добавленную стоимость".