Организация приобретала товары, которые в дальнейшем использовались как в облагаемой НДС деятельности (оптовая торговля), так и в необлагаемой (розничная торговля в рамках ЕНВД). Чтобы применить вычет "входного" НДС, налогоплательщик распределял налог согласно правилам п. 4 ст. 170 НК РФ. Для этих целей организация рассчитывала пропорцию: определяла долю реализованной оптом продукции в общей стоимости отгруженных товаров, а затем, исходя из полученной пропорции, принимала НДС к вычету. При этом стоимость товаров в такой пропорции учитывалась с НДС. Организация считала это правильным, т.к. цена реализации продукции оптом и в розницу была одинаковой. Однако инспекция признала подобный расчет неправомерным. ФАС Центрального округа в постановлении от 06.12.2013 № А14-16841/2012 поддержала проверяющих. Суд пояснил, что в расчете пропорции для распределения сумм НДС, принимаемого к вычету и (или) учитываемого в стоимости продукции, нужно использовать сопоставимые показатели. Причем сопоставимой должна быть не цена реализации оптовым и розничным покупателям, а стоимость отгруженных товаров без НДС.

Подробнее об особенностях расчета пропорции для распределения сумм "входного" НДС см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".