Уплачивать транспортный налог обязаны лица, на которых зарегистрированы транспортные средства (ст. 357 НК РФ). Данная обязанность прекращается, только если ТС снято с учета в регистрирующих органах (органах ГИБДД). Поэтому если транспортное средство конфисковано, но продолжает состоять на регистрационном учете, по нему все равно необходимо уплачивать налог. На это указал Минфин России в письме от 30.09.2013 № 03-05-06-04/40408.

Подробнее о том, что является объектом обложения по транспортному налогу, см. Справочник "Транспортный налог".