Налогоплательщик может воспользоваться особым порядком определения налоговой базы (п. 3 ст. 155 НК РФ) и уплатить НДС с разницы между стоимостью, по которой права передаются, с учетом налога и расходами на их приобретение.
Аргументы в пользу этого варианта поведения следующие.
Пунктом 3 ст. 155 НК РФ установлен особый порядок расчета налоговой базы при передаче имущественных прав на жилые помещения. Имущественные права на нежилые помещения относятся к тому же виду объектов гражданских прав и имеют тот же правовой режим, что и права на объекты, перечисленные в ст. 155 НК РФ. Никаких исключений или специальных правил расчета налога для передачи имущественных прав на нежилые помещения НК РФ не устанавливает. Поэтому при реализации имущественных прав на нежилые помещения налоговая база определяется как разница между ценой реализации и ценой приобретения имущественных прав по п. 3 ст. 155 НК РФ.
(См. письма Минфина России от 03.10.2024 № 03-07-11/95743, от 04.03.2024 № 03-07-11/18976, от 27.06.2016 № 03-07-10/37288, ФНС России от 27.06.2014 № ГД-4-3/12291, постановления Президиума ВАС РФ от 25.02.2010 № 13640/09, ФАС Уральского округа от 01.03.2012 № Ф09-575/12, ФАС Поволжского округа от 23.12.2010 № А55-6801/2010).
Отметим, ранее контролирующие ведомства придерживались иной точки зрения. В письмах Минфина России 28.02.2013 № 03-07-11/5926, от 29.04.2009 № 03-07-11/122, от 14.07.2008 № 03-07-11/254, ФНС России от 08.02.2011 № КЕ-4-3/1907@ было рекомендовано рассчитывать НДС при передаче прав на нежилые помещения со всей выручки от их реализации по п. 2 ст. 153 НК.
С учетом более поздних разъяснений можно сказать, что ведомство изменило свою позицию на более выгодную для налогоплательщика.
Примечание
Эта рекомендация не распространяется на передачу прав на гаражи и машино-места, поскольку п. 3 ст. 155 НК РФ установлен порядок определения налоговой базы в этих случаях.