При реализации имущества, в стоимость которого включена часть "входного" НДС, налоговая база рассчитывается как разница между его стоимостью (остаточной стоимостью с учетом переоценок) и ценой реализации с НДС. Так поступать советуют контролирующие органы.
Обоснование следующее.
НДС уплачивается с так называемой межценовой разницы (разница между ценой приобретения товаров и ценой их реализации) в следующих случаях:
- при реализации имущества, учтенного с "входным" НДС (п. 3 ст. 154 НК РФ);
- при реализации сельхозпродукции и продуктов ее переработки, закупленной у физических лиц (п. 4 ст. 154 НК РФ);
- при реализации автомобилей, приобретенных у физических лиц с целью перепродажи (п. 5.1 ст. 154 НК РФ).
В отношении имущества, которое учитывается на балансе налогоплательщика по стоимости, включающей в себя "входной" НДС, предусмотрен особый порядок расчета налоговой базы (п. 3 ст. 154 НК РФ). Исключений из этого правила для имущества, в стоимости которого НДС учтен только частично, не предусмотрено. Соответственно, при реализации такого имущества налоговая база определяется в общем порядке по п. 3 ст. 154 НК РФ и НДС платится с межценовой разницы.
(См. письма Минфина России от 15.02.2017 № 03-07-11/8356, от 26.03.2012 № 03-07-05/08, от 07.09.2004 № 03-04-11/142).