Если межценовая разница нулевая или отрицательная, НДС платить не нужно. Такое мнение разделяют контролирующие органы и суды.
Обосновывается это следующим.
НДС уплачивается с так называемой межценовой разницы (разница между ценой приобретения товаров и ценой их реализации) в следующих случаях:
- при реализации имущества, учтенного с "входным" НДС (п. 3 ст. 154 НК РФ);
- при реализации сельхозпродукции и продуктов ее переработки, закупленной у физических лиц (п. 4 ст. 154 НК РФ);
- при реализации автомобилей, приобретенных у физических лиц с целью перепродажи (п. 5.1 ст. 154 НК РФ).
Если цена реализации равна или ниже цены приобретения (балансовой стоимости), то межценовая разница равна нулю или отрицательна. В таком случае сумма НДС будет также равна нулю. Несмотря на то что НДС в этом случае фактически не уплачивается, продавец обязан выписать счет-фактуру (п. 3 ст. 168 НК РФ). При этом при составлении счета-фактуры продавец в графах 5 и 8 указывает нулевые показатели.
(См. письма Минфина России от 28.10.2019 № 03-07-05/82686, от 27.06.2017 № 03-07-09/40303, постановления ФАС Поволжского округа от 18.01.2013 по делу № А55-14290/2012, ФАС Московского округа от 08.12.2009 № КА-А41/13351-09).
Если отрицательная (нулевая) межценовая разница образовалась при реализации имущества, учтенного по стоимости с "входным" НДС, продавец должен документально доказать, что в его стоимость включен налог (например, представить счет-фактуру с выделенным НДС по этому имуществу). Если доказать такой факт не удастся, проверяющие доначислят НДС с полной стоимости реализованного имущества по п. 1 ст. 154 НК РФ (см. письма Минфина России от 20.10.2011 № 03-07-07/62, УМНС по г. Москве от 09.01.2004 № 24-11/01913, постановление ФАС Центрального округа от 27.02.2012 № А68-826/10).
Кроме того, следует учитывать, что контролирующие органы будут с особым вниманием относиться к сделкам, по которым цена реализации ниже покупной стоимости имущества.