В бухгалтерском и налоговом учете выплата действительной стоимости доли участнику для общества не является расходом.
На дату внесения записи в ЕГРЮЛ в связи с выходом участника в бухгалтерском учете ООО отражается кредиторская задолженность перед ним. Переход доли участника к ООО, распределение этой доли между участниками отражается в размере номинальной стоимости доли в аналитическом учете на счете учета уставного капитала. Действительная стоимость перераспределенной доли списывается за счет нераспределенной прибыли.
Превышение действительной стоимости доли участника над фактически оплаченной им стоимостью доли и суммой внесенного деньгами вклада в имущество организации признается доходом участника и квалифицируется в качестве дивидендов.
Если участник является юридическим лицом, ООО признается налоговым агентом по доходам такого участника в виде дивидендов для целей налога на прибыль.
Если участник является физическим лицом, ООО признается налоговым агентом по НДФЛ и обязано исчислить соответствующую сумму налога со всей суммы выплаты, удержать ее при выплате участнику и уплатить исчисленную сумму НДФЛ в бюджет.
О том, как отразить эти операции в программе "1С:Бухгалтерия 8", см. в статьях "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":