В программе "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) реализована возможность сторнирования договоров ГПХ, авторского заказа, актов по договорам и начислений по ним.
О том, как отменить договор в программе "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3), читайте в новой статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":