Организация, которая арендует имущество у физического лица (в т. ч. у своего работника, кроме ИП), признается налоговым агентом по НДФЛ. Это значит, что она должна исчислить налог, удержать его из доходов физического лица и перечислить в бюджет (подробнее см. в статье).
О том, как учитывать НДФЛ с таких доходов в программах "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) и "1С:Бухгалтерия 8" (ред. 3.0), читайте в актуализированных статьях справочника: