Неустойки, штрафы, пени, полученные от должника за нарушение условий договора, в бухгалтерском учете учитываются в прочих доходах, а в целях налога на прибыль признаются внереализационными доходами на дату признания должником или дату вступления в законную силу решения суда.
Суммы неустойки (штрафов, пеней), полученные покупателем за ненадлежащее исполнение продавцом обязательств по договору, НДС не облагаются как не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). Полученные продавцами от покупателей суммы неустоек (штрафов, пеней), которые по существу не являются таковыми, а фактически относятся к элементу ценообразования, облагаются НДС как суммы, связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). В остальных случаях суммы неустоек (штрафов, пеней) обложению НДС не подлежат.
О том, как отразить эти операции в программе "1С:Бухгалтерия 8", см. в обновленных статьях "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":