Лицензия, которая учитывалась в бухгалтерском учете как НМА, по окончании срока лицензионного договора должна быть списана с учета. Суммы накопленной амортизации и накопленного обесценения по этой лицензии относятся в уменьшение ее первоначальной (переоцененной) стоимости. Оставшаяся балансовая стоимость признается расходом периода, в котором списывается НМА.
В налоговом учете расходы, связанные с приобретением лицензии, включаются в состав прочих расходов равномерно по отчетным (налоговым) периодам в течение срока действия договора. Следовательно, на дату окончания срока действия лицензии в расходы включается сумма затрат на приобретение лицензии, которая приходится на последний период действия лицензионного договора. В случае досрочного прекращения лицензионного договора не учтенные в расходах суммы затрат на приобретение лицензии могут быть учтены в составе расходов для целей налогообложения прибыли единовременно на дату расторжения лицензионного договора.
О том, как отразить эти операции в программе "1С:Бухгалтерия 8", см. в статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":