Период нахождения сотрудника на военных сборах относится к исполнению им государственных обязанностей. Граждане, которые проходят военные сборы, освобождаются от работы с сохранением места постоянной работы или учебы и выплатой среднего заработка.
Средний заработок, выплачиваемый организацией сотрудникам за время прохождения военных сборов, облагается НДФЛ и страховыми взносами.
О том, как рассчитать средний заработок и начислить оплату за время военных сборов в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0), читайте в актуализированной статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":