Если сотрудник в течение года утратил статус налогового резидента РФ, то организация обязана с начала налогового периода пересчитать НДФЛ с доходов этого сотрудника по ставке 30 процентов с зачетом ранее удержанных по ставкам 13 (15) процентов сумм НДФЛ.
О том, как в программах "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) и "1С:Бухгалтерия 8" (ред. 3.0) сделать такой пересчет, читайте в актуализированных статьях справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":