О том, как в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0) при переходе с УСН "доходы" на УСН "доходы минус расходы" отразить остатки нереализованных товаров, а также операции по их дальнейшему учету и признанию их стоимости в расходах по УСН, см. в новых статьях справочника "Учет при применении УСН":