Не использованный в текущем финансовом году остаток целевой субсидии бюджетное (автономное) учреждение должно перечислить в бюджет. В обновленных практических статьях справочника хозяйственных операций по "1С:БГУ 8" для бюджетных и автономных учреждений показано, как отразить операцию в программе.