В период заключения сотрудника под стражу заработная плата ему не начисляется и не выплачивается, так как он не выполняет свои трудовые обязанности. Задержание сотрудника и заключение его под стражу не является основанием для расторжения с ним трудового договора.
О том, как регистрировать такое отсутствие сотрудника на рабочем месте и отразить его в табеле учета рабочего времени в программах "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) и "1С:Бухгалтерия 8" (ред. 3.0), читайте в новой статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":