При направлении работодателем сотрудника на профессиональное обучение или дополнительное профессиональное образование с отрывом от работы за ним сохраняются место работы (должность) и средняя заработная плата по основному месту работы (ст. 187 ТК РФ). Расчет среднего заработка производится в соответствии с ст. 139 ТК РФ.
О том, как в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0) произвести выплату среднего заработка за время учебы, смотрите в новой статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":