Для учета доходов бюджетных (автономных) учреждений в виде полученных целевых субсидий предназначены счета аналитического учета 401 41 и 401 49. Доходы будущих периодов признаются доходами текущего года по мере реализации условий предоставления субсидии в соответствии с отчетом о достижении целевых показателей. В обновленных практических статьях справочника хозяйственных операций по "1С:БГУ 8" для бюджетных и автономных учреждений показано, как в программе отразить начисление и поступление целевой субсидии в текущем году.