Ученический договор заключается между работодателем и сотрудником (соискателем). По договору ученикам на период учебы выплачивается стипендия, размер которой зависит от получаемой квалификации, но не может быть ниже МРОТ.
О том, как в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0) произвести выплату стипендии, смотрите в новых статьях справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":