Если период нетрудоспособности пришелся на дни учебного отпуска, то пособие за эти дни не назначается. Также законодательством РФ не предусмотрено продление учебного отпуска на период временной нетрудоспособности.
О том, как начислить пособие в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0), читайте в новой статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":