Остаток целевой субсидии, подлежащий возврату бюджетным (автономным) учреждением, отражается у учредителя по дебету счета 205 53 (205 63) и кредиту счета 206 41 (206 81). О том, каким документом провести операцию в программе, читайте в обновленных практических статьях справочников хозяйственных операций по "1С:БГУ 8" для казенных учреждений.