Согласно абз. 2 п. 1 ст. 78.1 БК РФ бюджетным и автономным учреждениям из бюджетов могут предоставляться субсидии на иные цели. Такие субсидии предоставляются на основании соглашений либо нормативного правового акта (например, при получении заявки от учреждения). Для учредителя соглашение о предоставлении субсидии служит основанием для учета бюджетных обязательств на счетах санкционирования.

Предоставление бюджетным (автономным) учреждениям субсидий на иные цели отражается по элементу вида расходов 612 и подстатье 241 КОСГУ, если речь идет о расходах текущего характера, или подстатье 281 КОСГУ, если речь идет о расходах капитального характера (пп. 10.4.1, 10.8.1 порядка, утв. приказом Минфина России от 29.11.2017 № 209н, п. 48.6.1.2 порядка, утв. приказом Минфина России от 06.06.2019 № 85н).

Перечисление целевой субсидии текущего характера учитывается главным распорядителем бюджетных средств по дебету счета 206 41, капитального - счета 206 81.

Расходы по целевой субсидии начисляются на дату предоставления подведомственным учреждением отчета о достижении целевых показателей (о выполнении условия при передаче активов). Одновременно отражается зачет выданного ранее аванса.

Порядок признания в бухгалтерском (бюджетном) учете показателей доходов (расходов) отчетного периода по операциям получения бюджетными и автономными учреждениями субсидий из бюджета разъяснен в письме Минфина России от 04.02.2020 № 02-06-07/6939.

В обновленных практических статьях справочника хозяйственных операций по "1С:БГУ 8" для казенных учреждений показано, как в программе отразить перечисление целевой субсидии в учете учредителя.