Начиная с версии 3.1.11 программы "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) пользователь сам может выбирать, исчислять ли НДФЛ при расчете аванса и удерживать ли его при выплате аванса.
О том, какие необходимо сделать для этого настройки, читайте в актуализированной статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":