Сотруднику выдается листок нетрудоспособности при направлении на медико-социальную экспертизу (МСЭ). В этом случае в табеле учета рабочего времени период прохождения МСЭ учитывается как временная нетрудоспособность. Оплата этого периода зависит от результатов экспертизы (будет сотрудник признан инвалидом или нет).
О том, как в программе "1С:Зарплата и управление персоналом 8" (ред. 3) регистрировать такой период, читайте в актуализированной статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":