Отпуск материалов на общехозяйственные нужды организации оформляется в программе документом "Требование-накладная".
Как оформить отпуск материалов в разные подразделения одним документом и списание одного и того же материала с разных складов с расчетом себестоимости списания отдельно по каждому складу, см. в актуализированной статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":