Денежные средства на счетах организации, открытых в банке, у которого отозвали лицензию, признаются дебиторской задолженностью. Если требования организации-кредитора о возврате денежных средств с высокой долей вероятности не будут удовлетворены, то дебиторская задолженность признается сомнительной, а в бухгалтерском учете создается резерв по сомнительным долгам. На дату ликвидации банка дебиторская задолженность подлежит списанию, как нереальная к взысканию.

Подробнее об этом см. в актуализированной статье "Справочника хозяйственных операций. 1С:Бухгалтерия 8":

• Учет денежных средств при отзыве лицензии у банка (требования не удовлетворены).