При изменении стоимости (или количества) отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг) продавец должен выставить покупателю корректировочный счет-фактуру (п. 3 ст. 168 НК РФ).

Однако в ситуации, когда продавцом выступает иностранный контрагент (организация или ИП), который не состоит на учете в российских налоговых органах, а местом реализации товаров (работ, услуг) признается территория РФ, российский покупатель выступает налоговым агентом по НДС (п. 1, 2 ст. 161 НК РФ). Он должен удержать НДС из денежных средств, причитающихся продавцу, и уплатить его в бюджет одновременно с выплатой дохода иностранцу (п. 4 ст. 174 НК РФ). Также налоговый агент составляет счет-фактуру от имени иностранного продавца. Подробнее см. статью справочника "Налог на добавленную стоимость".

Если после отгрузки товаров (выполнения работ, оказания услуг) изменилась их стоимость, налоговому агенту не нужно составлять корректировочный счет-фактуру. Это пояснил Минфин России в письме от 08.08.2018 № 03-07-08/56034.

По мнению ведомства, российский покупатель должен поступить следующим образом:

1. если стоимость товаров (работ, услуг) увеличилась и налоговый агент произвел доплату иностранцу, то НДС с такой доплаты необходимо перечислить в бюджет и на эту сумму составить еще один счет-фактуру;
2. если стоимость товаров (работ, услуг) уменьшилась и иностранный продавец вернул часть денежных средств, то у налогового агента возникает переплата по НДС. За ее возвратом нужно обращаться в налоговый орган в порядке, предусмотренном ст. 78 НК РФ.

Заметим: если российский налогоплательщик является посредником (например, в рамках договора агентирования), через которого иностранный продавец реализует в РФ товары (работы, услуги), то в случае изменения их стоимости после отгрузки корректировочный счет-фактуру российский посредник должен оформить в общем порядке (см. письмо Минфина России от 11.11.2015 № 03-07-08/64897). Подробнее о составлении корректировочного счета-фактуры см. статью справочника "Налог на добавленную стоимость".