Организация может перевести сотрудника из одного обособленного подразделения в другое обособленное подразделение в середине месяца (например, с 16 января).

В такой ситуации доходы сотрудника должны отражаться в расчете 6-НДФЛ, который сдается по месту нахождения первого подразделения, и в расчете, который сдается по месту нахождения второго подразделения.

В каждом расчете отражаются доходы, фактически выплаченные сотруднику в соответствующем подразделении. Это касается и случаев, когда доходы в виде оплаты труда, доначисленные за время работы в первом подразделении, выплачиваются вторым подразделением. Указанные доходы следует отражать в расчете 6-НДФЛ, заполняемом вторым подразделением.

Такие разъяснения даны в письме ФНС России от 14.02.2018 № ГД-4-11/2828@.