Если сотрудник организации работает в двух обособленных подразделениях, одно из которых является для него основным местом, а другое – местом работы по совместительству, НДФЛ с доходов такого работника необходимо уплачивать по месту нахождения обоих подразделений исходя из дохода, полученного в каждом подразделении. Соответственно, в отношении этого работника составляются две справки 2-НДФЛ и доходы отражаются в расчетах 6-НДФЛ, представляемых по месту нахождения подразделений.

В таком же порядке уплачиваются страховые взносы с выплат этому сотруднику и отражаются в расчетах по страховым взносам, если обособленные подразделения самостоятельно начисляют выплаты в пользу физических лиц.

Такой порядок следует из норм Налогового кодекса. На это указал Минфин России в письме от 06.02.2018 № 03-04-06/6908.

Подробнее об уплате НДФЛ см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".