Помимо стандартного редактора сравнения и объединения модулей вы можете использовать внешние программы, такие как Araxis Merge, DiffMerge, KDiff3, TortoiseMerge и Perforce P4Merge.
В параметрах 1C:EDT вы можете указать, какая внешняя программа будет использоваться в том или ином режиме сравнения/объединения.