В проекте расширения конфигурации содержится одно расширение. Такой проект вы можете связать с проектом конфигурации (свойство Базовый проект). Тогда контекст конфигурации будет доступен вам при разработке этого расширения, а при запуске конфигурации будет применяться и это расширение.
Если вы импортируете конфигурацию из информационной базы, то сразу можете импортировать и все расширения, которые есть в базе. Будет создан один проект для конфигурации, а также свой отдельный проект для каждого расширения. Причем проекты расширений сразу будут связаны с проектом конфигурации.
Но вы можете импортировать из базы только одно или несколько расширений. И связать их с проектом другой конфигурации. Или вовсе не связывать, а разрабатывать независимо.