Подсистемы предназначены для формирования глобального командного интерфейса приложения. Структура подсистем описывает для пользователя общую функциональность прикладного решения.
О подсистемах вы можете подробнее прочитать в документации Подсистемы (1С:Предприятие 8. Руководство разработчика).