Розничная продажа маркируемой продукции подлежит учету в системе ЕГАИС. Маркируемая алкогольная продукция отражается в чеке, для чего необходим сканер штрихкодов, поддерживающий формат PDF417.
С введением «помарочного» учета продукция учитывается на регистрах № 1 и № 3 ЕГАИС. Передача на регистр № 2 с марта 2018 года не требуется и реализацию можно осуществлять напрямую с регистра № 1. С регистра № 3 остатки будут списываться автоматически одновременно со списанием с регистра № 1.