Порядок заполнения счета-фактуры устанавливается Правительством РФ (п. 8 ст. 169 НК РФ). Стоимостные показатели счета-фактуры, в том числе предъявляемая покупателю сумма НДС (графа 8), указываются в рублях и копейках или в иной валюте (п. 3 Правил заполнения счета-фактуры, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). В связи с чем правило об округлении суммы налога, предусмотренное п. 6 ст. 52 НК РФ, при заполнении счета-фактуры не применяется. Такие выводы содержатся в письме Минфина России от 05.03.2014 № 03-07-15/9519 (разослано по нижестоящим налоговым органам письмом ФНС России от 08.04.2014 № ГД-4-3/6398@).

Подробнее см. новую статью-рекомендацию Справочника "Налог на добавленную стоимость": Можно ли округлять сумму НДС в счете-фактуре?